У Вишем суду у Нишу постоји пет судских одељења:
| I | Грађанско одељење |
| II | Кривично одељење |
| III | Посебно одељење за сузбијање корупције |
| IV | Одељење судске праксе |
| V | Одељење за заштиту права за суђење у разумном року |
ГРАЂАНСКО ОДЕЉЕЊЕ
Грађанско одељење Вишег суда у Нишу организовано је кроз првостепени парнични поступак, првостепени ванпарнични поступак и другостепене грађанске поступке.
Председник Грађанског одељења је судија Катарина Тонић.
Заменик председника Грађанског одељења је судија Снежана Милићевић.
КРИВИЧНО ОДЕЉЕЊЕ
Кривично одељење Вишег суда у Нишу организовано је кроз претходни поступак, првостепени кривични поступак, другостепени кривични поступак, кривични поступак према малолетним учиниоцима кривичних дела и судију за извршење кривичних санкција.
Председник Кривичног одељења је судија Мирко Драшковић.
Заменик председника Кривичног одељења је судија Милица Грујић.
ПОСЕБНО ОДЕЉЕЊЕ ЗА СУЗБИЈАЊЕ КОРУПЦИЈЕ
Посебно одељење за сузбијање корупције Вишег суда у Нишу основано је 01.03.2018. године ступањем на снагу Закона о организацији и надлежности државних органа у сузбијању организованог криминала, тероризма и корупције. Организовано је кроз претходни поступак и првостепени кривични поступак.
Председник Посебног одељења за сузбијање корупције је судија Тамара Савић.
Заменик председника Посебног одељења за сузбијање корупције је судија Јелена Миладиновић.
ОДЕЉЕЊЕ СУДСКЕ ПРАКСЕ
Руководилац Одељења судске праксе је судија Љиљана Марјановић Андрић.
ОДЕЉЕЊЕ ЗА ЗАШТИТУ ПРАВА НА СУЂЕЊЕ У РАЗУМНОМ РОКУ
Одељење за заштиту права на суђење у разумном року основано је са циљем убрзавања поступака и заштите права на правично суђење из члана 32. Устава Републике Србије и члана 6. Европске конвенције за заштиту људских права и основних слобода. Одељење је организовано кроз рад на предметима у кривичној и грађанској материји.
Председник Одељења за заштиту права на суђење у разумном року у кривичној материји је судија Бојан Вујачић.
